Johan 3. den fromme

Johan 3. innførte den portugisiske inkvisisjonen i 1536, som et middel for å sikre «religiøs renhet». Inkvisisjonen var rettet mot «nykristne», det vil si jøder som var blitt tvangskonvertert, og andre som ble anklaget for kjetteri. Dette førte til omfattende forfølgelser og økonomiske konsekvenser, blant annet ved at mange jødiske kjøpmenn flyktet fra landet.

Baruch Spinoza, som senere skulle bli en av Europas mest anerkjente filosofer, og hans foreldre var portugisiske jøder som flyktet fra inkvisisjonen i Portugal. Familien tilhørte de såkalte marranere eller «nykristne», altså jøder som utad hadde konvertert til kristendommen, men som i hemmelighet fortsatte å være praktiserende jøder. De ble forfulgt og flyktet derfor til Nederland for å kunne utøve sin religion i frihet.

Johan 3. tillot også jesuittene å etablere seg i Portugal, noe som fikk stor betydning for utdanning og misjonering, både i Portugal og i koloniene.

Under Johan 3. opplevde Portugal en storhetstid innen litteratur og vitenskap. Kongen støttet poeter som Luís de Camões, som senere skrev Lusiaden, og vitenskapsmenn som Pedro Nunes (1502–1578), som er særlig kjent for sitt banebrytende arbeid innen navigasjon og kartografi. Johan 3. delte ut stipender slik at unge portugisere kunne studere ved ledende universiteter i utlandet, særlig i Paris. Han grunnla også flere utdanningsinstitusjoner i Portugal, ofte med støtte til jesuittene, som fikk en sentral rolle i utdanning og forskning, og flyttet universitetet permanent til Coimbra.

Selv om Portugal var på sitt høydepunkt da Johan 3. overtok, begynte en gradvis nedgang under hans styre. Landet ble utfordret av økende konkurranse fra Frankrike og England og strevde med store utgifter til flåte og kolonier. Kongens store gjeld og tapet av seks av hans åtte barn førte til arveproblemer. Da han døde i 1557, var det hans barnebarn, den mindreårige Sebastian 1., som arvet tronen.